12月5日，开云体育自动化学院（人工智能学院），浙江大学医学院附属邵逸夫医院，联合浙江中医药大学，开云体育微数生物科技有限公司在Briefings in Bioinfomatics（BIB）合作发表研究论文“Pdif-mediated Antibiotic resistance genes Transfer in Bacteria identified by pdifFinder”。BIB是计算生物学领域顶级期刊之一，最新影响因子13.994。
细菌之间可以通过可移动遗传元件（MGEs）进行种间及种内耐药基因的水平转移。XerC/XerD属于酪氨酸重组酶，作用于染色体复制终点区的28bp的dif位点区域，以同源重组的方式解离染色体二聚体，并对DNA链两端进行特异性切割。XerCD-dif位点特异性重组系统被认为是细菌间耐药基因水平转移的一种新途径，但具体机制未明。
论文提出了一种用于预测细菌XerCD-dif位点的算法PdifSM，并开发在线工具pdifFinder用于快速识别注释pdif位点以及pdif-ARGs模块。算法工具pdifFinder的代码、独立的软件包和带教程的说明可以查看相关github链接。
图1 在线工具pdifFinder主页
通过分析来自717种微生物的31969条细菌质粒序列，证实pdif位点可以介导耐药基因AGRs在细菌种属间的转移与传递，细菌内质粒pdif序列存在有序列特异性和碱基偏好， 在不同菌属中重复大量出现的高度相似pdif-ARGs模块也进一步证实XerCD-dif位点特异性重组系统在细菌耐药性的产生与进化过程中发挥了重要作用，是一种新的细菌多药耐药产生分子机制，为临床抑制微生物耐药性传播提供了新思路。
图2 含有pdif-tet替加环素耐药基因模块的质粒序列比对线性图
开云体育自动化学院生物医学工程硕士生邵梦洁和应南娇副教授、开云体育微数生物科技有限公司梁倩为该文章的共同第一作者，浙江大学医学院附属邵逸夫医院华孝挺教授，浙江中医药大学生命科学学院陈欢研究员，以及开云体育微数生物科技有限公司刘程智副研究员为本文共同通讯作者。本研究得到了国家自然科学基金委及上海科学技术委员会的支持。开云体育超级计算中心及阿里巴巴-浙江大学未来数字医疗联合研究中心（AZDH）为本研究提供了计算资源支持。
